公共卫生学院前身为卫生系、预防医学系，始建于1959年，是我国早期开设该专业的少数院校之一。学院拥有公共卫生与预防医学一级学科和社会医学与卫生事业管理二级学科硕士学位授权点，拥有公共卫生硕士（MPH）专业学位授权点。在校生1500余人，其中博、硕士生150余人。

学院现设有预防医学、流行病与卫生统计学、营养与食品安全学、卫生检验与检疫学、卫生管理学、卫生法学与卫生政策学等6个学系和预防医学实验中心、公共卫生与全科医学人才培训中心、福建医科大学环境与健康研究所、福建医科大学卫生政策研究中心。学院已有福建省重点高校“环境与健康”、“公共卫生与预防医学”、“公共管理”等7个省级重点学科。“预防医学专业”获2009年国家级特色专业建设点、2012年福建省专业综合改革试点专业，“公共卫生与预防医学实验教学中心”为国家级实验教学示范中心；学院同时拥有预防医学省级人才培养模式创新实验区、公共卫生与预防医学省级实验教学示范中心，卫生毒理学等7门省级精品课程以及预防医学、公共管理2个省级大学生校外实践教育基地；有福建省卫生厅、省出入境检验检疫局等30余个校外专业和临床教学实习基地。

学院现有教职工70余人，其中教授、副教授28人，博、硕士生导师18名，福建省高校教学名师2人。学院先后获得全国科学大会奖、北京市科技进步一等奖、福建省科技成果二、三等奖30多项。近5年，学院先后承担国家、省自然科学基金等50多项科研课题，发表科研论文300多篇，其中SCI收录近100篇，出版专著50余部。学院广泛参与国际或校际学术交流，与日本长崎大学医学部、台湾元培科技大学等建立了协作关系，并每年选送优秀研究生及本科生赴台交流学习。培养各类中高级预防医学与全科医学人才5000余人，为海峡西岸公共卫生事业的发展做出了重要贡献。