基础医学部设有：眼视光技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术三个专业，是学院实施基础医学教育的重要部门，承担了各专业的基础医学课程和本系部3个专业的专业课程。近三年来毕业生就业率保持在98.8%以上。眼视光技术专业与厦门宝岛眼镜有限公司、福州明视眼镜公司和厦门鹭达眼镜公司联合办学，进行“校企合作，订单式”培养，毕业生就业率100%

基础医学部有4个校内实训中心（眼视光技术实训中心、医学检验技术实训中心、卫生检疫技术实训中心和基础医学实训中心）、2个馆（人体生命科学馆、医学伦理教育馆）、1个遗体捐献接受站。其中“医学检验技术实训中心” 为中央财政支持职业教育实训基地和福建省教育厅、财政厅资助的职业教育实训基地，人体生命科学馆与医学伦理教育馆为福建省红十字人道与生命教育基地和福建省、漳州市科普教育基地，“遗体捐献接受站” 荣获“省级五一先锋岗”。遵循“院校合作、工学结合”办学原则，建立合作紧密的教学实习医院及校企合作的实训基地，满足在校学生实习实训。　

基础医学部教职工共46人，其中专任教师33人、实验实训教师10名。省级教学名师1人，双师型教师31人，企业兼职教师47人，已构建一支优秀的、师资队伍较强、合理双师结构的教学团队。“医学检验技术专业教学团队”为省级教学团队。近三年来，在CN刊物上发表论文80多篇，已获得省级精品课程2门，主编、副主编教材23部，完成省市以上课题28项，其中2项已获得漳州市科技成果奖三等奖。基础医学部成绩斐然，获得“全国高职高专院校科研工作先进单位”和“福建省教育系统先进集体”称号。