学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学院学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、第二临床学院（第二附属医院）、巢湖临床学院（附属巢湖医院）、第四临床学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系、皮肤病与性病学系、乳腺病学系等24个直属教学机构。