截至2016年1月，滨州医学院设有临床医学院、基础医学院、特殊教育学院、口腔医学院、护理学院、人文与社会科学学院、药学院、中西医结合学院、公共卫生与管理学院、外国语与国际交流学院、葡萄酒学院、康复医学院、老年医学院、继续教育学院等14个院（系）。设有临床医学、临床医学（全科医学），口腔医学、护理学、中医学、医学影像学、麻醉学、预防医学、生物技术、药学、信息管理与信息系统、信息管理与信息系统（卫生信息化方向，校企联合培养）、法学、英语、应用心理学、统计学、公共事业管理学、劳动与社会保障、医学检验、眼视光学、康复治疗学、市场营销、特殊教育、听力与言语康复学、生物制药、葡萄与葡萄酒工程、制药工程、医学影像技术、口腔医学技术等29个本科专业方向