学校现有机械工程学院、电子电气工程学院、管理学院、化学化工学院、材料工程学院、汽车工程学院、艺术设计学院、中韩多媒体设计学院、航空运输学院(飞行学院)、服装学院、中法埃菲时装设计师学院、城市轨道交通学院、社会科学学院、基础教学学院、外国语学院、体育教学部、工程实训中心、继续教育学院、高等职业技术学院等19个院(部/中心)，以及上海飞行仿真技术研究中心、能源与环境工程研究所、激光工业技术研究所、纳米技术应用研究中心、经济研究所、上海市人民政府发展研究中心“政府公共决策支持”研究基地、上海国际邮轮研究中心、上海市社会保障问题研究中心等研究机构(基地)。学校拥有8万平方米国家级实验教学示范中心“现代工业工程训练中心”；国家级虚拟仿真实验教学中心“民航飞行与运营管理虚拟仿真实验教学中心”；上海市实验教学示范中心“上海工程技术大学城市轨道交通实验中心”；学校还拥有国家大学科技园，已成为学校科技成果转化、创业企业孵化、创新创业人才培养的综合性科技创新平台。