根据国家规定，学生入学后必须交纳学费、住宿费和其他杂费。并实行学费、住宿费一年一交的办法。根据新价非字（2000）28号文、新价非字（2000）29号文规定，昌吉学院2006年各类新生学费收费标准如下（元/生?年）：
文史类各专业：本科：3100，专科：2900；
理工类各专业：本科：3500，专科：3300；
外语类各专业：本科：3800，专科：3500；
体育类各专业：本科：3300；
艺术类各专业：本科：6000。
住宿费标准：8人间600；6人间800；4人间1000。