云南农业大学是云南省首家、全国为数不多的从校级层面全面推进校内专业认证的高校。 

为突出学生为中心，落实教师的教学质量主体责任，提升课堂教学质量及实践教学水平，强化质量保障体系建设，云南农业大学从2017年底全面启动校内专业认证，全力提升专业内涵建设和发展。学校目前已有水利水电工程、农业水利工程2个专业通过国家工程教育专业认证。 

2018、2019年应届本科毕业生对学校教学工作满意度调查结果显示：2019届毕业生对所学专业培养目标及毕业要求的了解程度、专业总体满意度、学校总体教育教学质量的满意度均较2018届毕业生有明显提高；对任课教师的教学方法、师生互动交流、教学效果及学生素质能力提升方面的满意度也显著提高。