收费标准：学校收费严格按福建省财政厅、教育厅等部门文件及福建省物价局收费目录清单、福建医科大学阳光价费公示牌执行。收费许可证号:KK00031100。

专业收费标准，以省发改委、财政厅、教育厅等主管部门当年审批为准。临床医学“5+3”一体化（含儿科学、精神医学方向）本科阶段、临床医学、基础医学、口腔医学、麻醉学、医学影像学、护理学、助产学、药学、药物制剂、临床药学、药物分析、预防医学等专业6760元/学年；智能医学工程、康复治疗学、眼视光学、医学影像技术、医学检验技术、卫生检验与检疫等专业6240元/学年；生物制药专业6200元/学年；生物信息学、公共事业管理等专业5460元/学年；应用心理学、社会工作等专业5000元/学年。“5+3”一体化专业研究生阶段按照当年研究生学费标准收费。

住宿费标准：校本部新生入住上街校区，住宿费为1200元/生.学年（4人间），安装空调的学生公寓加收100元/生.学年。

学生注册缴费后，因故转学、退学等原因终止学业的，其入学时缴交的代办费一律按实结算，学费和住宿费按福建省物价局、福建省财政厅、福建省教育厅《关于规范高等学校和中等职业学校收费管理工作有关问题的通知》（闽价〔2005〕费435号）、《福建医科大学学生收费管理暂行规定》（闽医大［2016］133号）文件要求办理。