据2020年1月学校官网信息显示，学校下设11个学院、12个附属医院(3个直属)、1个中医药研究院、27个教学医院和70个实习基地。设有24个本科专业，涵盖医、理、文、工、管、法等6个学科门类。[7]

其中直属附属医院为黑龙江中医药大学附属第一医院和黑龙江中医药大学附属第二医院。