截至2020年6月，学校有基础医学院、第一临床医学院(下设中医系、中西医临床医学系)、第二临床医学院(下设临床医学系)、药学院、针灸推拿学院、护理学院、医学技术学院、公共卫生学院、人文管理学院、外语学院、继续教育学院、体育部、马克思主义学院、国际教育学院等14个教学单位;有2所直属附属医院、33所非直属附属医院以及陕西中医药大学制药厂和陕西医史博物馆;开设27个本科专业。