复旦大学创建于1905年，原名复旦公学，于光绪三十一年(1905)中秋节正式开学，是第一所由中国人通过民间集资自主创办的高等学校。“复旦”二字由创始人、中国近代知名教育家马相伯先生选定，选自《尚书大传·虞夏传》中《卿云歌》“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。一百多年来，复旦大学经历了数不清的风风雨雨，然而“复旦”二字却深深地镌刻进了一代又一代复旦人的心中。2005年是复旦大学的百年校庆。国家主席胡锦涛发来贺信，贺信中称复旦大学是“由中国人自主创办的第一所私立大学”。全国人大常委会委员长吴邦国参加校庆大会并致词。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后我国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。2006年，“复旦”被评为上海市著名商标；2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华之后，中国第二所获此殊荣的高校。
　　 复旦大学经历逾百年的沿革。1917年复旦公学改名为私立复旦大学，下设文、理、商三科以及预科和中学部。1937年抗日战争爆发后，学校内迁重庆北碚， 并于1941年改为“国立”。1946年学校迁回上海江湾原址。到1949年学校已设立文、理、法、商、农五院20多个系（科）。鲁迅、郭沫若、邹韬奋、老舍、竺可桢、马寅初等著名学者曾到校演讲或任教。1950年高校初步进行院系调整，复旦大学的海洋系并入山东大学；上海暨南大学的文、法、商三院，同济大学的文、法两院，以及浙江大学、英士大学的部分系科并入复旦大学。1952年秋全国高校院系调整，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商专科学校、中国新闻专科学校等高等院校的文、理科有关系科并入复旦大学。二十世纪80年代以后，尤其是通过国家教育部和上海市共同建设，以及“七五”、“八五”和“九五”的重点建设，复旦大学逐步发展成为一所人文科学、社会科学、自然科学、技术科学以及管理科学在内的多科性研究型综合大学。2000年4月27日上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。上海医科大学创建于1927年，是中国人自己创办的第一所高等医学院校。建院时定名为第四中山大学医学院，1932年改名为国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年被中央指定为全国16所重点高等院校之一，1985年改名为上海医科大学。上海医科大学与复旦大学合并，进一步拓宽了复旦大学的学科结构，为综合性大学的发展目标奠定了坚实的基础。