复旦大学上海医学院位于上海繁华的徐家汇东侧，她有着悠久的历史和优良的学风，享誉海内外。随着中国教育体制的改革，2000年4月原复旦大学（创建于1905年）与原上海医科大学（创建于1927年）合并，复旦大学上海医学院于2001年7月27日成立，由复旦大学副校长王卫平教授兼任院长。
　　复旦大学上海医学院成立以来大胆探索体制改革。为创办综合性大学的一流医学院，促进基础医学和临床医学的结合，加快医学学科建设，由医学院的领导和各附属医院的院长组成上海医学院院务委员会，是学院的咨询决策机构。在教学管理架构上设有27个系。在行政管理架构上设有党委办公室、院长办公室、教学办公室、科研办公室和本科生、研究生工作组，负责管理和协调学院各方面的工作。学院现有国家重点学科20个；国家重点实验室1个；“211工程”建设重点学科8个；教育部、卫生部重点实验室9个；上海市重点学科2个；上海市临床医学中心8个。有博士后流动站4个，博士点29个，硕士点36个。
　　上海医学院前身是国立中央大学医学院，成立于1927年，是中国创办的第一所国立大学医学院；1932年独立为国立上海医学院，是中国唯一的国立医学院；1985年改名为上海医科大学。上海医学院（上海医科大学）简称“上医”，具有悠久的历史和优良的传统。
　　2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建为新的复旦大学。原上医公共卫生学院、护理学院、药学院独立成院。经过医大校友的抗争，2001年7月27日，原上海医大纯医学部分，即上医基础医学院，更名为复旦大学上海医学院。