强基计划将积极探索基础学科拔尖创新人才培养模式。对有志于在基础学科领域内发展的学生来讲，“强基计划”的贯通化培养方式无疑是保障和促进了学生的发展。

一是，单独制定培养方案。高校对通过强基计划录取的学生可单独编班，配备一流的师资，提供一流的学习条件，创造一流的学术环境与氛围，实行导师制、小班化培养。建立激励机制，增强学生的荣誉感和使命感。通过强基计划录取的学生入校后原则上不得转到相关学科之外的专业就读。
二是，畅通成长发展通道。对学业优秀的学生，高校可在免试推荐研究生、直博、公派留学、奖学金等方面予以优先安排。探索建立本-硕-博衔接的培养模式。
三是，推进科教协同育人。鼓励国家实验室、国家重点实验室、前沿科学中心、集成攻关大平台和协同创新中心等吸纳这些学生参与项目研究，探索建立结合重大科研任务的人才培养机制。
四是 强化质量保障机制。建立科学化、多阶段的动态进出机制，对进入计划的学生进行综合考查、科学分流。建立在校生、毕业生跟踪调查机制和人才成长数据库，根据质量监测和反馈信息不断完善招生和人才培养方案。加强对学生的就业教育和指导，积极输送高素质后备人才。