学校普通本科各专业的学费按照福建省发展和改革委员会、福建省财政厅和福建省教育厅最终核定的收费标准执行。学费若有调整，以正式文件为准;若有退费情况，退费办法按照福建省发展和改革委员会、省财政厅、省教育厅(闽价〔2005〕费435号)文件规定执行，特殊情况的退费根据新出台的文件规定执行。

普通本科各类专业(项目)学费标准如下：

1.文史类、理工类、体育类专业：5040元/生•学年;

2.艺术类专业：8640元/生•学年;

3.医学类专业：6240元/生•学年;

4.闽台合作项目：普通专业15000元/生•学年;艺术类专业：18000元/生•学年;医学类专业：18000元/生•学年;

5.中外合作办学项目：18000元/生•学年(该学费标准指在莆田学院学习期间的收费标准，该专业学生视情况可前往美国学习3个学期，在美国学习阶段学费按美国新奥尔良大学的收费标准由其收取)。