历史建筑保护工程专业是国家标准设置的建筑类专业中特设专业，在国家2012年新版《普通高等学校本科专业目录》中的专业代码为082804T。国家教育部(教高函[2020]2号)批复，同意福建工程学院2020年开始招生，是全国第9所开办本专业的高校。

历史建筑保护工程专业为适应国家文化发展与乡村振兴战略的需求，提升城乡历史空间的人居环境品质，实现历史建筑可持续发展的目标，培养具备建筑文化遗产保护与传承的应用型人才。人才培养具备传统营造修缮技艺的实践能力，掌握现代建筑设计理论与施工方法，从事历史文化街区保护与发展规划，历史建筑风貌区文脉修复、历史建筑修缮设计、历史建筑再利用开发与管理等方面工作。所培养人才主要在具备文物修缮设计资质的建筑设计单位、历史建筑修缮施工单位和相关技术、管理部门等。

开设主要课程有：设计初步、建筑设计基础、建筑设计、历史建筑保护设计、历史建筑保护工程概论、中国建筑史、闽东传统建筑营造技艺、闽台传统建筑与文化、历史城镇保护与更新、文化遗产保护管理、历史建筑营造技术、历史建筑修复技术、建筑材料、建筑结构(大木作)、建筑构造(小木做)、建筑物理、建筑设备