学费标准：依据省发改委、财政厅、教育厅等主管部门文件规定执行。临床医学(“5+3”一体化)和临床医学(“5+3”一体化，儿科学)本科阶段、临床医学、基础医学、口腔医学、麻醉学、医学影像学、护理学、助产学、药学、临床药学、预防医学、放射医学等专业6760元/生·学年;智能医学工程、康复治疗学、眼视光学、医学影像技术、医学检验技术、卫生检验与检疫等专业6240元/生·学年;生物制药专业6200元/生·学年;生物信息学、公共事业管理、医疗保险等专业5460元/生·学年;运动康复专业5040元/生·学年;应用心理学、社会工作等专业5000元/生·学年。临床医学(“5+3”一体化)和临床医学(“5+3”一体化，儿科学)专业的研究生阶段按照当年研究生学费标准收费。

校本部新生入住旗山校区学生公寓(4人间)，住宿费为1300元/生·学年(含空调费100元/生·学年)。

学生注册缴费后，因故转学、退学等原因终止学业的，其入学时缴交的代办费一律按实结算，学费和住宿费按原福建省物价局、福建省财政厅、福建省教育厅《关于规范高等学校和中等职业学校收费管理工作有关问题的通知》(闽价〔2005〕费435号)《福建医科大学学生收费管理规定》(闽医大〔2022〕244号)文件规定办理。