南通大学根据经江苏省物价部门核准的标准(苏价费(2014)136号、苏价费(2017)243号)按学年收取学费，文科类专5200元，理科类专业5500元，工科类专业5800元，艺术类专业6800 元，体育类专业 5300 元，医学类专业6800元，中外合作办学(音乐表演)26400 元，优势学科在原科类学费基础上上浮10%。具体收费标准以随录取通知书一起寄发的《南通大学新生入学须知》为准。

南通大学根据《高等学校社会化学生公寓收费管理暂行办法》(苏价费[2002]369号)文件精神，学校住宿费按条件分为每人每年500 元、800 元、1000 元、1200元四类，住宿由学校统一安排。