南京大学按照国家和江苏省相关规定和标准收取学费和住宿费。新生入校时，按照录取专业(大类)的学费标准预收当年学费，标准为5200-7480元/生·学年;分流后按照准入专业所对应的学分制学费标准收费，并按学年进行学费结算。其中，软件工程专业第三、四学年学费为16000元/生·学年。大气科学(中外合作办学)专业实行学年制收费，标准为75000元/生·学年。本科生住宿费标准为1500元/生·学年。

南京大学通过奖学金、助学金、国家助学贷款、勤工助学、临时困难补助、学杂费减免、家庭经济困难学生入学绿色通道等方式帮助学生完成学业。