药学院创办于1984年，现有中药学、药学、药物制剂、制药工程、市场营销（药品营销方向）、食品科学与工程6个本科专业；有中药学、药物分析、方剂学三个硕士点。有中药化学、方剂学两个国家中医药管理局重点学科,另有中药学、方剂学两个省级重点学科。《中药化学》、《中药学》、《分析化学》、《方剂学》、《中药药理学》、《中药制剂分析》六门省级精品课程。中药学为福建省研究生教育创新基地，方剂学教学团队为福建省优秀创新人才团队。

大学城新区药学院实验楼总面积11000平方米，拥有1500多种中药、800多种方剂的标本室各一个，一个100亩的药用植物园-时珍园。现有价值约1000多万元的仪器设备，为满足教学和教师从事科研工作奠定了坚实的基础。拥有福建省高等学校中药学重点实验室、福建省高等学校中药学实验教学示范中心、福建省中药研究开发工程实验室、福建省中药产业技术开发基地、福建省中药学研究生教育创新基地、福建省中药临床前研究与质量控制工程技术研究中心、闽产中药研发科技平台、福建省卫生厅3个重点研究室等。

现有教职工118人，其中正高职称32人，副高职称22人，博士40人。美国哈佛大学访问学者2人。

为了培养高质量全方位人才，2006年始，我院与福建师范大学生命科学学院联合创办制药工程专业；2007年始，从2006级药学专业遴选优秀学生与中国人民解放军第二军医大学联合培养；2007年始，我院与台湾嘉南药理科技大学联合培养食品科学与工程专业学生。

近几年来，我院注重深化教育教学改革，吸收、学习先进的办学理念和经验，不断创新，加强横向联合，纵向合作。2007年11月和2008年4月，学校先后聘请台湾药学专家陈瑞龙教授、澳门大学王一涛教授和国家重点学科方剂学李冀教授为“闽江学者”（特聘教授）。我院五位教师获福建省百千万人才工程人选；一位教师获福建省级教学名师称号。

在改革开放的大潮推动下,药学院在不断地成长壮大；坚持以中医药为主，多学科协调发展，各专业建设突显特色，集医学、理学、工学和管理学为一体并相互交叉、相互渗透。

药学院人，秉承厚德、博学、继承、创新的精神，解放思想，开拓进取，培养了一批批中药研究开发与应用的高级人才，为服务海峡西岸经济区建设作出贡献。