药学系现有教师55人，其中教授4人，副教授6人，讲师34人；具有博士学历19人，硕士研究生学历27人。外聘企业生产经验的专家、高级技术人员兼职教师20人。目前，药学系下设专业有药学、药物制剂技术、中药、中药制药技术、医药营销、生物制药技术、生物实验技术、食品药品监督管理、化妆品营销与使用技术9个专业。

药学系校内实训基地面积7000多平方米，仪器设备投入5000多万元，包括基础化学实训室：（基础化学、有机化学、生物化学实验室等）；药学实训中心：（药物制剂实训室，药品生产GMP实训车间，模拟药房、中药炮制实验室等），药用植物园、与国大医药连锁合作办学社会药房；食品与药品检测实训中心：（高效液相色谱室、气相色谱室、紫外-可见光谱室、电分析实验室等）；生物制药实训中心：（基因技术实训室、发酵技术实训室、生物分离技术实训室、生物检测技术、动物细胞培养技术等室等），中央财政支持基因蛋白质发酵车间，厦门市中药生物工程重点实验室，福建省道地药材生物工程重点实验室；海洋药物科研平台，分子生物学科研平台，中药精加工科研平台；化妆品营销与使用技术专业实训室。

药学系重视科学研究，近几年以来，承担国家自然基金、省、市科研立项十多项，以科研促进教学，带动学生的创新创业，促进专业建设和提高社会服务能力。2013年药学系学生在全国职业院校技能大赛中分别获得“中药传统技能大赛”高职个人二等奖1项、中职个人二等奖、三等奖各1项，“农产品质量安全监测”高职三等奖1项；在2013全省职业技能大赛“微生物应用技术大赛”获得一等奖1名、二等奖1名、团体总分第二名，“农产品安全监测”项目一等奖1名，二等奖3名；2012、2013年连续两年获得全省职业技能大赛“植物组织培养”第二名；2012年药学系生物制药学生获得福建省第七届“挑战杯”大学生创业计划书获竞赛金奖。

药学系非常重视与企业之间的合作办学，先后与厦门星鲨药业集团、厦门中药厂、厦门特宝生物有限公司、厦门万泰沧海生物技术有限公司、英科新创、厦门医药采购供应站、光华大药房、鹭燕大药房、祝强大药房、厦门第一医院、中山医院、台资的长庚医院、中医院、第二医院以及省内外福州海王药业、福州抗生素厂、泉州海峡药业、广东珠海的丽珠药业和广东中山的三才药业等70多家医药企业，建立了校企合作关系，与食品行业厦门银鹭集团、厦门向阳坊、厦门古龙食品等几十家建立合作关系。与台湾嘉南药理科技大学建立了友好的校际关系，2009年9月，药学系派出12名大学生赴台湾嘉南药理科技大学学习。2012年我校化妆品专业与台湾嘉南药理科技大学和台资克丽缇娜公司建立“校校企”合作办学，学生半年在台湾学习，半年在上海克丽缇娜学习，并的该公司就业。今年，我校与韩国金泉大学化妆品专业签订合作办学，学生有半年的时间赴韩国学习。

药学系非常重视学生的实践能力和岗位技能的培养，突出“工学结合”人才培养模式，坚持“双证并重”的办学特色，学生在校期间除获得毕业学历证书和还能获得职业技术工种资格证书，提升就业竞争力，学校重视学生的品德和人生观的教育，树立正确的劳动观与就业观，学生年平均就业率在99%以上，毕业生以“技术硬,素质好”倍受用人单位的赞誉。