现设有学院26个，研究所(中心)15个，涵盖农学、理学、工学、经济学、管理学、医学、文学、教育学、法学、艺术学10大学科门类。有博士后科研流动站7个，博士学位授权一级学科10个、二级学科46个，硕士学位授权一级学科17个、二级学科87个，专业学位授予类别（领域）23个，本科专业88个；国家重点学科和重点培育学科4个，部省重点学科19个。2005年学校被确定为全国援疆学科建设计划40所重点高校之一。2012年在全国高校一级学科评估中，6个参评学科有3个、2个和1个分别位居全国第4、第5和第7。从2015年起，农业科学、植物学与动物学2个学科ESI排名持续稳定保持世界前1%。2017年动物营养与饲养科学入选全国高等院校学科创新引智计划（111计划）。