2018年开始实行环境科学与工程类大类招生，采取“1+3”的培养模式。学生用第一学年修完规定的基础平台课程后，第三学期可分流至环境工程或环境科学与工程专业继续学习。

(1) 环境工程

环境工程专业为国家一流专业、广东省特色专业、广东省重点专业和广东省一流专业建设点，并且分别于2011年、2014年、2017年三次通过工程教育专业认证。该专业培养学生掌握环境科学与工程的原理、方法和手段等基础知识，注重环境工程专业知识和工程实践能力的培养，是我国最有影响力的环境工程专业之一。

(2) 环境科学与工程

环境科学与工程专业位列2021“软科中国大学专业排名”全国第2名。2019年，学院整合原环境科学专业和给排水科学与工程专业的办学资源，优化设立了环境科学与工程专业，分环境科学(兼顾环境科学理论、环境管理与工程实践能力)和水工程(侧重供水和建筑给排水技术与工程实践能力)两个专业培养方向，于第六学期分流到以上两个专业方向学习。