生物工程专业是首批国家级一流本科专业建设点，2021年通过教育部工科教育专业认证。

培养目标：培养适应生物工程及相关行业和领域可持续发展的需求，具备良好的人文素养和社会责任感，系统掌握生物工程的基本理论和专业技能，能够在生物工程及相关行业和领域从事产品研发、工程设计、工艺控制和经营管理等方面工作的专业人才。   

主干课程：发酵工程、化工原理、生物分离工程、食用菌工程、生物反应工程、生物工程设备、微生物检验检测等。

培养效果：毕业生可在机关事业单位、酿造与食品企业、食用菌企业等从事管理与技术研发工作，也可以在高校或科研机构从事教学、科研或管理工作。鼓励优秀毕业生攻读生物工程专业学位硕士研究生。