针灸学院前身是1958年成立的针灸教研室。1982年设立针灸专业并首次招收本科生，1989年成立针灸推拿系，2010年原康复医学基础教研室和针灸推拿学（康复医学方向）专业划归康复医学院，同时系更名为针灸学院。现设有针灸推拿学、针灸推拿学(中医美容方向)二个本科专业，年招生约150人。1996年被国务院学位委员会批准为针灸硕士授予权点，目前有全日制本科生及国内外研究生约800人。

 针灸学院现有教职员工25人，专任教师19人，其中教授3人，副教授4人，中青年教师均具有硕、博士学历；有中西医结合博士生导师1人，专兼职硕导25人。近年来，学院在学科建设方面取得长足进步，《经络腧穴学》是教育部双语示范课程（立项），针灸学科为福建省与国家中管局共建重点学科，《针灸学》、《刺法灸法学》为省级精品课程。还有4门为校级精品或优质课程。

 学院目前承担各级各类科研课题20多项，其中有国家973计划项目、国家自然科学基金课题等。近期获省部级科技成果3项。主、参编中管局规划或创新教材15部，主编学术专著7部。

 学院也是我校对外交流的重要窗口，学员遍及10余个国家与地区，并与国外多所大专院校、科研机构及医疗机构建立了合作联系。