基础医学院成立于2001年1月，前身是基础医学部，始建于1959年。学院现有1个一级学科博士学位授权点（涵盖基础医学4个二级学科）、2个一级学科硕士学位授权点（涵盖基础医学与生物学各二级学科）以及1个博士后科研流动站（基础医学）。目前，学院负责五年制基础医学专业本科和四年制生物信息学专业本科学生的教育和管理工作，以及根据学校本科教育分段式培养模式，还负责五年制和七年制临床医学专业学生前三年的培养工作。学院现有本科生3500余人，硕士研究生176人，博士研究生38人。

学院现有教职工220余人，其中：教授31人，副教授44人；博士生导师21人，硕士生导师42人；享受国务院政府特殊津贴专家9人；全国优秀教师1人；省级教学名师3人；海外高层次人才引进计划（千人计划）人选1人；教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选1人；闽江学者3人；福建省创业创新人才计划（百人计划）人选2人；福建省高等学校教学名师4人；国家级、省级“百千万人才工程”人选12人；福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划人选3人；福建省高校杰出青年科研人才培育计划人选1人。

学院现拥有1个教育部重点实验室（消化道恶性肿瘤）、3个省高校重点实验室（感染与肿瘤、干细胞与再生医学、脑老化与神经变性疾病）、1个省“211”重点学科（分子医学）、1个省特色重点学科（基础医学）、1个省重点一级学科（基础医学）及4个省重点二级学科（生物化学与分子生物学、解剖学与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学）。建有福建省基础医学实验教学示范中心、财政部共建高校特色优势学科教学实验室（病理与病理生理学）、2支省高校科技创新团队（感染与肿瘤创新团队及脑肿瘤的代谢调控与干细胞疗法创新团队）、3支省级教学团队（病理学教学团队、人体解剖学教学团队、组织胚胎学教学团队）、7门省级精品课程（病理学、解剖学、生物化学、生理学、微生物学、组织胚胎学、机能学）和2门优质硕士学位课程（医学分子生物学、高级病理学）。

学院曾获福建省科学技术二等奖2项及三等奖9项；福建省科技进步三等奖1项；福建医学科技奖一等奖1项、二等奖1项、三等奖3项；福建省青年科技奖8项；运盛青年科技奖1项。近五年来，获得各类科研基金资助139项，其中国家科技重大科技子项目6项，国家自然科学基金28项，教育部博士点基金4项，教育部博士后基金1项，福建省自然科学基金34项，福建省教育卫生联合攻关项目5项，省科技厅/教育厅/卫生厅各类项目51项。先后在SCI源期刊和国家级学术期刊上发表论文240余篇,获得国家专利授权4项。学院重视学术交流与合作，与美国哈佛大学医学院、日本奈良医科大学及长崎医科大学、台湾阳明大学、香港大学医学院及复旦大学上海医学院等国内外著名医学院校建立了密切的科研合作关系。

我院学生曾获得全国大学生英语竞赛全国特等奖、全国大学生“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛全国三等奖、“中国大学生自强之星”提名奖等表彰，学生参与的暑期“三下乡”社会实践团队多次获团省委“优秀社会实践队”称号。